Essendo Situata lungo l'equatore ha un clima tropicale con due distinte stagioni dei monsoni, una umida e l'altra secca. Le precipitazioni medie annue nelle pianure variano dai 1 780 ai 3 175 mm e nelle regioni montuose può arrivare fino ai 6 100 mm. Le zone più piovose sono le aree montane di Sumatra, Giava Occidentale, Kalimantan, Sulawesi e Nuova Guinea; l'umidità si mantiene generalmente elevata, in media circa l'80%. In genere tra dicembre e marzo predominano i venti settentrionali, mentre tra giugno e settembre predominano i venti meridionali. Le temperature variano poco durante tutto l'anno: la temperatura media giornaliera è tra i 26 e i 30 °C. Trovandosi l'Indonesia in prossimità dell'equatore, il giorno vi dura 12 ore tutto l'anno, e il tramonto arriva abbastanza presto. Il sole equatoriale è fortissimo e può essere pericoloso anche con il cielo nuvoloso, soprattutto in montagna